การได้รับยาปฏิชีวนะตั้งแต่เนิ่นๆจะฆ่าแบคทีเรียที่มีประโยชน์ในระบบทางเดินอาหาร และอาจทำให้เกิดโรคหอบหืดและภูมิแพ้ได้ หลักฐานที่แข็งแกร่งความสัมพันธ์ที่สังเกตมาเป็นเวลานานระหว่างการได้รับยาปฏิชีวนะในเด็กปฐมวัยและการพัฒนาของโรคหอบหืดและโรคภูมิแพ้ในภายหลังนั้นเป็นสาเหตุความหมายในทางปฏิบัตินั้นง่ายมากหลีกเลี่ยงการใช้ยาปฏิชีวนะในเด็กเล็กทุกครั้งที่ทำได้
เพราะอาจเพิ่มความเสี่ยงต่อปัญหาภูมิแพ้และ/หรือโรคหอบหืดในระยะยาว ในส่วนแรกของการทดลอง หนูอายุ 5 วันได้รับน้ำ อะซิโทรมัยซินหรืออะม็อกซีซิลลิน หลังจากที่หนูโตเต็มที่ นักวิจัยได้สัมผัสกับสารก่อภูมิแพ้ทั่วไปที่มาจากไรฝุ่นในบ้าน หนูที่ได้รับยาปฏิชีวนะอย่างใดอย่างหนึ่ง โดยเฉพาะอย่างยิ่ง azithromycin แสดงอัตราการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันที่สูงขึ้น เช่น การแพ้ ส่วนที่สองและสามของการทดลองทดสอบสมมติฐานว่าการได้รับยาปฏิชีวนะในระยะแรก (แต่ไม่ใช่การได้รับในภายหลัง) ทำให้เกิดอาการแพ้และโรคหอบหืดโดยการฆ่าแบคทีเรียในลำไส้ที่ดีต่อสุขภาพที่สนับสนุนการพัฒนาระบบภูมิคุ้มกันที่เหมาะสม